Manche behaupten, dass es über einem heidnischen Tempel der Göttin Aphrodite Pyrene errichtet wurde. Nach einer anderen Version kamen drei Mönche mit Reliquien des Heiligen Petrus auf der Flucht an diesen Ort und versteckten sie hier in einer Höhle. Später wurde an der Stelle das erste dem Heiligen gewidmete Gebäude gebaut, aus dem im Laufe der Zeit das Kloster entstand. In jedem Fall lag die Glanzzeit des Klosters Sant Pere de Rodes im 10. bis 13. Jahrhundert. In der Folge erlebte es einen langsamen Niedergang, bis es schließlich von den hier lebenden Mönchen aufgegeben wurde. Durch die Restaurierung wurde es vom Verfall bewahrt und ist heute eines der repräsentativsten romanischen Zeugnisse des Landes.